Asambleja është organi më i lartë drejtues i Akademisë. Ajo mblidhet të paktën një herë në vit. Asambleja mblidhet dhe kur këtë e kërkon një e treta e pjesëtarëve të saj. Në mbledhjen e Asamblesë, përveç pjesëtarëve të caktuar me ligj, marrin pjesë edhe të ftuar të tjerë, me përjashtim të rasteve kur në këtë statut është parashikuar ndryshe. Në Asamble kanë të drejtë vote vendimore anëtarët e rregullt, anëtarët e përhershëm dhe anëtarët e asociuar të Akademisë, sipas ligjit, përveç rasteve kur në këtë Statut parashikohet ndryshe.

Asambleja shqyrton dhe miraton drejtimet kryesore të veprimtarisë shkencore të Akademisë,

Vendos për çështje të tjera të rëndësishme me karakter shkencor e organizativ,

Miraton Statutin dhe ndryshimet që mund të bëhen në përmbajtjen e tij,

Shqyrton dhe miraton raportet e Kryesisë mbi veprimtarinë e përgjithshme të Akademisë,

Shqyrton probleme të zhvillimit perspektiv të shkencave në vend dhe u paraqet propozime organeve përkatëse.