1. Asambleja
2. Keshilli Ekzekutiv
3. Kryesia e Akademise

Asambleja eshte organi me i larte drejtues i Akademise. Ajo mblidhet te pakten dy here ne vit. Ne Asamble kane te drejte vote vendimore anetaret e rregullt, te perhershem dhe te asociuar te Akademise, sipas ligjit. Asambleja shqyrton dhe miraton drejtimet kryesore te veprimtarise shkencore te Akademise, vendos per ceshtje te tjera te rendesishme me karakter shkencor e organizativ; miraton Statutin dhe ndryshimet qe mund te behen ne permbajtjen e tij; zgjedh anetaret e rinj te rregullt, te perhershem, te asociuar e te nderit; zgjedh kryesine dhe kryetaret e seksioneve; shqyrton dhe miraton raportet e Kryesise per veprimtarine e pergjithshme te Akademise; shqyrton probleme te zhvillimit perspektiv te shkencave ne vend dhe u paraqet propozime organeve kompetente. Te gjitha ceshtjet zgjidhen nga Asambleja me votim te hapur dhe me shumicen e anetareve te pranishem, pervec rasteve kur ne Statut parashikohet ndryshe. Asambleja zgjedh me votim te fshehte per nje mandat katervjecar kryetarin e Akademise e zevendeskryetarin dhe per nje mandat pesevjecar sekretarin shkencor dhe kryetaret e seksioneve. Kryetari, zevendeskryetari dhe sekretari shkencor perbejne Kryesine e Akademise. Ne Kryesine e Akademise duhet te perfaqesohen te dyja seksionet e saj. Keshilli Ekzekutiv perbehet nga 5 anetare: kryetari, zevendeskryetari, sekretari shkencor i Akademise dhe kryetaret e seksioneve. Kryetari i Akademise eshte edhe kryetar i Keshillit Ekzekutiv. Keshilli Ekzekutiv zbaton vendimet e Asamblese; shqyrton probleme te rendesishme shkencore e organizative, duke marre vendimet perkatese. Per gjithe veprimtarine e tij Keshilli Ekzekutiv raporton para Asamblese. Kryesia e Akademise organizon, drejton dhe bashkerendon veprimtarine e Akademise; vendos marredhenie e lidh marreveshje bashkepunimi me institucione vendese e te huaja; vendos per mbledhjen e Asamblese; miraton ndarjen e kuotave te buxhetit sipas fushave te veprimtarise se Akademise. Kryesia e Akademise ka aparatin e vet, qe funksionon sipas rregullores se miratuar prej saj.