Seksionet janë njësi shkencore, të cilat në përshtatje me vendimet e Asamblesë, të Këshillit Ekzekutiv dhe të Kryesisë së Akademisë, realizojnë detyrat e përcaktuara në Ligjin dhe në Statutin e Akademisë. Seksionet ndahen në:
  1. Seksioni i Shkencave Shoqërore dhe Albanologjike
  2. Seksioni i Shkencave Natyrore dhe Teknike

Ato orientojnë, organizojnë, bashkërendojnë dhe ndjekin veprimtarinë shkencore në fushat e shkencave që mbulojnë; ndjekin gjendjen dhe zhvillimin e këtyre shkencave; studiojnë dhe paraqesin perspektivat e zhvillimit të tyre; bëjnë propozime për ngritje institutesh e qendrash shkencore; për ngritje grupesh të veçanta për studime ndërdisiplinore; për ngritje komisionesh studimi për probleme të caktuara të rëndësishme, duke aktivizuar edhe specialistë të jashtëm; bëjnë propozime dhe marrin masa për organizime kongresesh, konferencash, simpoziumesh e seminaresh shkencore me karakter kombëtar e ndërkombëtar me tematikë ndërdisiplinore; caktojnë kriteret themelore për botimet akademike të profilit të tyre; botojnë revista shkencore të specializuara, redaksitë e të cilave funksionojnë pranë këtyre seksioneve; përcaktojnë kërkesat financiare për botime; diskutojnë e japin mendime për botimin e veprave akademike të fushave përkatëse; shqyrtojnë zbatimin e kërkesave e të aplikimeve dhe japin mendim paraprak për kandidatët që aplikojnë për akademikë të rregullt e të asociuar. Seksioni përbëhet prej anëtarëve të rregullt, anëtarëve të përhershëm dhe anëtarëve të asociuar të Akademisë. Seksioni drejtohet nga kryetari i tij. Kryetari i Seksionit thërret dhe drejton mbledhjet e Seksionit.