Akademia e Shkencave e Shqiperise ka marredhenie te shumta brenda dhe jashte vendit. Ajo bashkepunon ngushte me institucionet e sistemit te kerkimit shkencor e universitar ne Shqiperi. Ajo, sipas detyrave qe i jepen nga organet drejtuese bashkepunon me institucionet qeveritare, perfaqesite e huaja e organizatat nderkombetare ne vend. ASh bashkepunon me akademi shkencore kombetare te rajonit si dhe me akademi te tjera te botes. Keshtu ajo ka marredhenie bashkepunimi me: Austrine, Britanine e Madhe, Bullgarine, Egjiptin, Italine, Kinen, Kroacine, Malin e Zi, Maqedonine, Polonine, Rumanine, Rusine, Sllovenine, Turqine. Bashkepunimi me Akademine e Shkencave dhe te Arteve te Kosoves eshte shume i ngushte. Me te realizohen shume veprimtari dhe studime te perbashketa. Akademia e Shkencave e Shqiperise eshte anetare e disa organizmave shkencore nderkombetare si: Federata Evropiane e Akademive Kombetare te Shkencave (ALLEA); Grupimi Interakademik (IAP); Akademia e Mesdheut; Akademia Evropiane e Arteve, Shkences dhe Lendeve Humane; Akademia Boterore per te Drejtat e Njeriut; Qendra e Studimeve te Vendeve te Detit te Zi; Keshilli Nderakademik per Evropen Juglindore.