PROGRAMET KOMBËTARE PËR KËRKIM DHE ZHVILLIM (2003 – 2005)
- "Enciklopedia Shqiptare". Drejtues projekti: Prof. E. Lafe
- "Fjalori sinonimik i gjuhës shqipe". Drejtues projekti: Prof. J. Thomai
- "Fjalor i gjuhës shqipe". Drejtues projekti: Prof. J. Thomai
- "Enciklopedia e artit shqiptar". Drejtues projekti: Prof. J. Papagjoni
- "Burime arkivore për historinë e Shqipërisë". Drejtues projekti: Prof. G. Shpuza
- "Ristrukturimi agrar postkomunist në Shqipëri dhe implikimet e tregut". Drejtues projekti: Prof. A.Bërxoli
Pasuritë Natyrore
- "Vlerësimi i resurseve ujore të rrjetit hidrografik të Shqipërisë". Drejtues projekti: Prof. N. Pano
- "Vlerësimi i potencialit natyror të energjive të ripërtëritshme". Drejtues projekti: Prof. as. E. Demiraj
- "Studimi i fizibilitetit të rregullimit të tërësisë ujore të liqenit të Shkodrës, Drinit dhe Bunës". Drejtues projekti: Prof. F. Hoxha
Sistemet dhe Teknologjitë e Informacionit
- "Pajisja e Akademisë së Edukimit Fizik dhe Sporteve (Tiranë) me infrastrukturën rrjetore të komunikimit elektronik, si dhe përdorimi i saj në qarkullimin e informacioneve didaktike e shkencore mbi bazën e teknologjive hipertekstuale". Drejtues projekti: Prof. K. Gjoka.
Bioteknologjitë dhe Diversiteti Biologjik
- ""Identifikimi, karakterizimi dhe standardizimi për koleksionim i mikroorganizmave endemikè me rëndësi industriale e bujqësore. Hartimi i kartelave gjenetike dhe katalogut të mikroorganizmave të koleksionuar". Drejtues projekti: Prof. R. Zenelaj
- "Përshtatjet biofizike-biologjike, fiziologjike dhe gjenetike ndaj faktorëve klimatikë dhe ekstremalë dhe ndotjeve urbane tek speciet zbukuruese të florës së Tiranës për t’i përdorur në gjelbërimin e qyteteve". Drejtues projekti: Prof. F. Babani
- "Vlerësimi i potencialit, identifikimi i biodiversitetit në nivel molekular, shumëzimi in vivo dhe in vitro me synim kultivimin e kimiotipeve të zgjedhur të disa bimëve aromatike-mjekësore në toka të varfëra të vendit tonë". Drejtues projekti: Prof. E. Kongjika
- "Vlerësimi në nivel kromozomik i biodiversitetit të disa specieve endemike të rrezikuara në Florën spontane të Shqipërisë". Drejtues projekti: Prof. as. Zh. Zekaj